Aunque el club se fundó a comienzos de los años 90, no fue hasta la temporada 2009/10 cuando se adhirió al Burgos Club de Fútbol, equipacion argentina mundial 2022 incorporando el nombre del club al patrocinador. El partido que condenó a Independiente al descenso, luego de 101 años de participación consecutiva en Primera, fue una derrota por 0-1 ante San Lorenzo (gol de Ángel Correa) en la penúltima fecha en el Estadio Libertadores de América, camiseta de brasil siendo el episodio más triste en la historia del club.